นโยบายการจัดการความรู้ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ 1.ให้ใช้เครื่องมือการจัดการความรู้ผลักดัน คุณภาพคน และกระบวนทำงาน 2.ส่งเสริมการแลกเปลี่ยนประสบการณ์การทำงาน จากหน้างาน 3.ส่งเสริมให้มีเวทีเรียนรู้ร่วมกัน

น้อง หะ-หมี P
Ico64
songpol - homutai
นักวิทยาศาสตร์
ศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์
เครือข่าย
สมาชิก · ติดตาม: 1 · ผู้ติดตาม: 1

อ่าน: 1623
ความเห็น: 0

protein sequencer

ถามมาตอบไป

   เป็นคำถามของลูกค้าที่ทำการ post ถามมาใน SEC-WebBoard ของศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์ครับ

ขอสอบถามเรื่องการทำ protein sequencing โดยใช้ Edman degradation และ protein sequencer ดังนี้ครับ

1. ตัวอย่างที่เป็นโปรตีนหรือเปปไทด์ที่ต้องการวิเคราะห์ลำดับกรดอะมิโนด้วยเทคนิคดังกล่าว จะต้องเป็นตัวอย่างโปรตีนหรือเปปไทด์ที่บริสุทธิ์ใช่หรือไม่ครับ

2. เราจะรู้ได้อย่างไรครับว่าตัวอย่างโปรตีนหรือเปปไทด์ของเรามีความบริสุทธิ์เพียงพอที่จะส่งวิเคราะห์ลำดับกรดอะมิโนด้วยวิธีนี้ได้

สมมติว่าตัวอย่าง purified fraction ของผมนำไป run SDS-PAGE แล้วมี band peptide เพียง 1 band

...แต่เมื่อนำไปวิเคราะห์ด้วย MALDI/TOF พบ peak peptide 4 peak โดยเป็น peak ใหญ่ 1 peak และ peak เล็กๆอีก 3 peak
(peak ใหญ่มี intensity ประมาณ 5.2 x 10^4 a.u. และ peak อื่นๆมี intensity ประมาณ 0.7 x 10^4, 0.25 x 10^4 และ 0.5 x 10^4 a.u.)

อย่างนี้จะถือว่าตัวอย่างเปปไทด์ดังกล่าวบริสุทธิ์พอที่จะวิเคราะห์ลำดับกรดอะมิโนด้วย protein sequencer ที่ทางศูนย์เครื่องมือฯ มีให้บริการอยู่หรือไม่ครับ

3. ตัวอย่างเปปไทด์ที่จะส่งวิเคราะห์ต้องใช้อย่างน้อยกี่มิลลิกรัมครับ ตัวอย่างของผมอยู่ในรูปสารละลายความเข้มข้น 0.21 mg/ml ครับ

4. กรณีตัวอย่างเปปไทด์ที่ส่งวิเคราะห์มีการ block ที่ปลาย N-terminal หรือด้วยเหตุผลใดๆก็ตามที่ทำให้อ่าน sequence ไม่ได้ ทางศูนย์เครื่องมือฯ มีบริการเตรียมตัวอย่างเปปไทด์ก่อนการทำ sequencing เช่น deformylation หรือไม่ครับ

5. การส่งตัวอย่างวิเคราะห์ที่ศูนย์เครื่องมือฯ เราสามารถเข้าไปนั่งดูที่เครื่องหรือทำแลปร่วมกับพี่ๆนักวิทย์ฯ ได้หรือไม่ครับ ถ้าได้ต้องมีแนวปฏิบัติอย่างไรครับ (กรณีผู้ส่งตัวอย่างวิเคราะห์เป็นนักศึกษาบัณฑิตศึกษา มอ. และผู้ร่วมวิจัยที่ไม่ใช่นักศึกษา)

รบกวนด้วยครับ
ขอบคุณครับ

ตอบคร้าบ

      - เป็นตัวอย่างโปรตีนที่บริสุทธ์ ตัวอย่างอาจจะอยู่ในรูปสารละลายใน (น้ำ, acetic acid, acetonitrile โดยต้องมีความเข้มข้นอย่างน้อย 10pmol/ul) หรือ ตัวอย่างโปรตีนที่ทำการ blot ลงแผ่น PVDF membrane แล้วย้อมสีด้วย Coomassie Blue หลังจากนั้นทำการตัดเฉพาะแถบโปรตีนที่สนใจส่งมาทำการวิเคราะห์ครับ
แนะนำให้ส่งแบบหลังครับ ซึ่งหากส่งในรูปสารละลายอาจมีสารเคมีรบกวนการทำงานในปฏิกิริยา Edman ครับซึ่งการส่งแบบ Blotted-PVDF protein สามารถกำจัดสิ่งปนเปื้อนได้ครับ
    - สำหรับกรณีเกิดการ block เกิดขึ้นทางเราจะส่งตัวอย่างคืนให้ลูกค้่าเตรียมตัวอย่างมาใหม่ครับ
-อนุญาติให้เข้ามานั่งดูได้ครับในเวลาราชการแต่ผู้ที่เข้ามาดูต้องมีการแลกบัตรก่อนเข้าห้องปฏิบัติการครับ

    -สำหรับกรณีถ้าโปรตีน purified fraction ของลูกค้านำไป run SDS-PAGE แล้วมี band peptide เพียง 1 band สามารถส่งมาวิเคราะห์ด้วย Protein Sequence ได้โดยตัดเฉพาะ band ที่สนใจตามคำอธิบายของคุณทรงพลค่ะ โดยอาจจะให้ผลวิเคราะห์มี Peak มากกว่า 1Peak สำหรับในแต่ละ Residue เนื่องจากโปรตีีนของคุณมีขนาดใกล้เคียงกันมากๆ แต่เครื่องจะอ่านลำดับอะมิโนได้และให้ความน่าจะเป็นที่ 2และ 3 เพื่อให้ลูกค้าพิจารณาว่าลำดับอะมิโนของลูกค้าน่าจะมีลำดับเป็นอย่างไรได้ค่ะ



Sections: บริการวิชาการ
License: ซีซี: แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-อนุญาตแบบเดียวกัน Cc-by-nc-sa
created: 09 October 2012 11:11 Modified: 09 October 2012 11:11 [ Report Abuse ]
ดอกไม้
People who like this: Ico24 MoN_Takan, Ico24 Our Shangri-La, and 5 others.
People Who Like This
 
Facebook
Twitter
Google

Other Posts By This Blogger

ความเห็น

ไม่มีความเห็น

ร่วมแสดงความเห็นในหน้านี้

ชื่อ:
อีเมล:
IP แอดเดรส: 3.236.96.157
ข้อความ:  
เรียกเครื่องมือจัดการข้อความ
   
ยกเลิก หรือ