นโยบายการจัดการความรู้ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ 1.ให้ใช้เครื่องมือการจัดการความรู้ผลักดัน คุณภาพคน และกระบวนทำงาน 2.ส่งเสริมการแลกเปลี่ยนประสบการณ์การทำงาน จากหน้างาน 3.ส่งเสริมให้มีเวทีเรียนรู้ร่วมกัน
อ่าน: 2149
ความเห็น: 2

Reverse and complement สำหรับ DNA sequence

Reverse and complement สำหรับ DNA sequence

 Reverse  and complement  สำหรับ DNA sequence

         ซึ่งลูกค้าที่ไม่ชำนาญด้านชีวโมเลกุลอาจจะไม่คุ้นเคย แต่คนที่ได้ทำงานด้านนี้อาจจะง่าย แต่วันนี้จะมาแนะนำเกี่ยวกับ Web site ฟรีซึ่งใช้งานง่ายสำหรับผู้ที่เริ่มเข้ามาทำงานด้านชีวโมเลกุล

       ก่อนอื่นขออธิบายเล็กน้อยสำหรับ DNA sequence น่ะค่ะ โดยปกติแล้ว primer ที่ใช้สำหรับ PCR จะมี 2 ข้างคือ forward (F) และ Reverse (R)  แต่สำหรับการทำ DNA sequencing ( การหาลำดับของนิวคลีโอไทด์บนชิ้นดีเอ็นเอที่สนใจ) จะใช้ primer สำหรับทำปฏิกิริยาแค่ข้างเดียว โดยส่วนใหญ่แล้วจะใช้  F ซึ่งเมื่อได้ผลของลำดับนิวคลีโอไทด์ออกมาเราสามารถนำไปเปรียบเทียบกับดีเอ็นเอ Original ที่เรามีได้เลย (เหมือนเราอ่านหนังสือจากข้างหน้าไปข้างหลังปกติ) แต่ถ้าเราใช้ primer R เหมือนเราอ่านหนังสือจากด้านหลังไปด้านหน้า เพราะฉะนั้นวันนี้จะมาแนะนำ Web ฟรีที่จะกลับหนังสือให้เราอ่านง่ายๆน่ะค่ะ

    Web ที่ว่าคือ ชื่อ  The BIO-WEB

    เมื่อเปิดแล้วให้เราไปเปิด sequence ของเราที่เป็น Fasta หรือ txt ก็ได้โดยไม่มีตัวเลขน่ะค่ะ แล้ว coppy มา นำเข้ามา past ในช่องที่ว่างด้านล่าง

จากนั้นก็เลือกคำสั่ง Reverse  and complement  

ก็จะได้เป็นดีเอ็นเอที่มีลำดับจาก 5' ไป 3' ค่ะ เราก็สามารถนำไปใช้งานต่อไป

เพื่อนๆลองใช้งานดูน่ะค่ะ ไม่ยุ่งยากและก็ฟรีค่ะ

หมวดหมู่บันทึก: พัฒนางานประจำ
สัญญาอนุญาต: ซีซี: แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-อนุญาตแบบเดียวกัน Cc-by-nc-sa
สร้าง: 27 มิถุนายน 2556 16:12 แก้ไข: 27 มิถุนายน 2556 16:12 [ แจ้งไม่เหมาะสม ]
ดอกไม้
สมาชิกที่ให้กำลังใจ: Ico24 Our Shangri-La, Ico24 ServiceMan, และ 6 คนอื่น.
สมาชิกที่ให้กำลังใจ
 
Facebook
Twitter
Google

บันทึกอื่นๆ

ความเห็น

ทำไมรูปประกอบมันเล็กลง ๆ ล่ะครับ

ตาไม่ดี ยายก็ไม่อยู่

อิอิอิ

เราเอง

Ico48
M.R. [IP: 158.108.193.53]
13 August 2013 20:46
#91715

ขอถามเรื่องออกแบบ Primer หน่อยค่ะ อันนี้จะเป็นการออกแบบ Tetraprimer ซึ่ง จะได้ Primer มาจาก DNA สองแหล่ง สมมติว่าเป็นมะเขือเทศ 2 พันธุ์นะคะ คือ SD3 (สีดาทิพย์) กับ C1 คือเราต้องนำ Primer ทั้ง F และ R มาหาค่า consensus แล้ว แล้วก็เอาค่า consensus ที่ได้จาก primer ของ SD3 และ C1 มาออกแบบ Tetraprimer โดยระบุตำแหน่ง SNP ลงไป

ทีนี้ก็เริ่มงง เพราะทำแล้วมันไม่ออกมา ตั้งแต่หาค่า consensus แล้ว ดิฉันใช้โปรแกรม CAP3 assembly program กับ Tetraprimer design ที่เว็บ http://primer1.soton.ac.uk/primer1.html

งงมากๆ เลยค่ะ ทำแล้วมันไม่ออกมา (บางตัว)

ร่วมแสดงความเห็นในหน้านี้

ชื่อ:
อีเมล:
IP แอดเดรส: 3.235.41.241
ข้อความ:  
เรียกเครื่องมือจัดการข้อความ
   
ยกเลิก หรือ