ความเห็น: 2
Reverse and complement สำหรับ DNA sequence
Reverse and complement สำหรับ DNA sequence
ซึ่งลูกค้าที่ไม่ชำนาญด้านชีวโมเลกุลอาจจะไม่คุ้นเคย แต่คนที่ได้ทำงานด้านนี้อาจจะง่าย แต่วันนี้จะมาแนะนำเกี่ยวกับ Web site ฟรีซึ่งใช้งานง่ายสำหรับผู้ที่เริ่มเข้ามาทำงานด้านชีวโมเลกุล
ก่อนอื่นขออธิบายเล็กน้อยสำหรับ DNA sequence น่ะค่ะ โดยปกติแล้ว primer ที่ใช้สำหรับ PCR จะมี 2 ข้างคือ forward (F) และ Reverse (R) แต่สำหรับการทำ DNA sequencing ( การหาลำดับของนิวคลีโอไทด์บนชิ้นดีเอ็นเอที่สนใจ) จะใช้ primer สำหรับทำปฏิกิริยาแค่ข้างเดียว โดยส่วนใหญ่แล้วจะใช้ F ซึ่งเมื่อได้ผลของลำดับนิวคลีโอไทด์ออกมาเราสามารถนำไปเปรียบเทียบกับดีเอ็นเอ Original ที่เรามีได้เลย (เหมือนเราอ่านหนังสือจากข้างหน้าไปข้างหลังปกติ) แต่ถ้าเราใช้ primer R เหมือนเราอ่านหนังสือจากด้านหลังไปด้านหน้า เพราะฉะนั้นวันนี้จะมาแนะนำ Web ฟรีที่จะกลับหนังสือให้เราอ่านง่ายๆน่ะค่ะ
Web ที่ว่าคือ ชื่อ The BIO-WEB
เมื่อเปิดแล้วให้เราไปเปิด sequence ของเราที่เป็น Fasta หรือ txt ก็ได้โดยไม่มีตัวเลขน่ะค่ะ แล้ว coppy มา นำเข้ามา past ในช่องที่ว่างด้านล่าง
จากนั้นก็เลือกคำสั่ง Reverse and complement
ก็จะได้เป็นดีเอ็นเอที่มีลำดับจาก 5' ไป 3' ค่ะ เราก็สามารถนำไปใช้งานต่อไป
เพื่อนๆลองใช้งานดูน่ะค่ะ ไม่ยุ่งยากและก็ฟรีค่ะ
บันทึกอื่นๆ
- เก่ากว่า « บรรยากาศอบรมวันแรกที่กรมวิทยาศาส...
- ใหม่กว่า » การควบคุมคุณภาพแวดล้อมภายในห้องป...
ความเห็น
![]() |
ขอถามเรื่องออกแบบ Primer หน่อยค่ะ อันนี้จะเป็นการออกแบบ Tetraprimer ซึ่ง จะได้ Primer มาจาก DNA สองแหล่ง สมมติว่าเป็นมะเขือเทศ 2 พันธุ์นะคะ คือ SD3 (สีดาทิพย์) กับ C1 คือเราต้องนำ Primer ทั้ง F และ R มาหาค่า consensus แล้ว แล้วก็เอาค่า consensus ที่ได้จาก primer ของ SD3 และ C1 มาออกแบบ Tetraprimer โดยระบุตำแหน่ง SNP ลงไป
ทีนี้ก็เริ่มงง เพราะทำแล้วมันไม่ออกมา ตั้งแต่หาค่า consensus แล้ว ดิฉันใช้โปรแกรม CAP3 assembly program กับ Tetraprimer design ที่เว็บ http://primer1.soton.ac.uk/primer1.html
งงมากๆ เลยค่ะ ทำแล้วมันไม่ออกมา (บางตัว)
28 มิถุนายน 2556 09:49
#89804
ทำไมรูปประกอบมันเล็กลง ๆ ล่ะครับ
ตาไม่ดี ยายก็ไม่อยู่
อิอิอิ
เราเอง