ก้าวย่าง ทางเดิน ลืมคืนวัน ดั้นด้นไป: เลือก (ติด) ตั้ง

แชร์กลับมาแล้ว แต่ชนชาวแชร์ ยังแชเละเชื่องฃ้า เราก็เลยต้องแชเชือน เลื่อนการเขียนแชร์ ช้าๆเชือนๆ

เพื่อไม่ให้ช้าเชือนแช เข้าเรื่องกันเลยดีกว่าครับ

เรื่องมันมีอยู่ว่า

ผมได้เครื่อง eeePC เครื่องนึงมาจากชนนท์ แจ้งว่าให้ช่วยจัดการลง Linux ให้หน่อยเพราะอ่านวิธีทำ ตามในเวปแล้วปวดหัวเพิ่มขึ้น ยังไงไม่รู้ ผมก็เลยจัดให้

หลังจากที่ลงเรีบยร้อยแล้ว (ผมค่อยเล่ารายละเอียดในบันทึกหน้า - ถ้าไม่ลืมเขียน 8-)) หลังจากที่ลง Linux ให้เรียบร้อยแล้ว จากเนื้อที่ทั้งมด ประมาณ ๓.๒ จิกะ ถูกใช้ไป ประมาณ ๒.๘ จิกะ ระบบปฏิบัติการ (OS) ที่ใช้เป็น Ubunt Linux Desktop 11.04

ชนนท์เปรยๆ เรื่องว่าจะมีเนื้อที่เหลือให้ลง R หรือเปล่า ผมก็จัดให้ตามการร้องขอ ก็สำเร็จ โดยที่ไม่ต้ออกแรงมาก เพราะในข้อมูล packages list ของ Ubuntu รวมโปรแกรม R เข้าไปด้วยแล้วแต่แหล่ง download package R ไม่ได้อยู่เมืองไทย เพราะเอาตาม mirror list ของ Ubuntu

การติดตั้ง R ก็ไม่ยุ่งยากครับ มีให้เลือกหลายทาง ซึ่งมีวิธีการคร่าว หากไม่ได้ลงผ่านตัว package manager อย่าง apt-get ของ Ubuntu ก็จะลงผ่าน deb ตามด้วย mirror ของ R + R package วิธีการติดตั้งมีอยู่ในเวปของ cran R สำหรับ Ubuntu อยู่แล้ว

เช่นหน้าเวปนี้ http://ftp.psu.ac.th/pub/cran/bin/linux/ubuntu/ (อ่านตรงส่วนการติดตั้ง (Installation))

ผมเลือกใช้การติดตั้งโดยผ่าน apt-get โดยใช้คำสั่งผ่านทาง terminal (command line)

sudo apt-get install r-base

ซึ่งคำสั่งนี้จะติดตั้ง r-base, r-Base-core, r-base-dev ให้

หลังจากติดตั้ง R เรียบร้อยแล้วการใช้งานต้องผ่านทาง Terminal หากไม่ติดตั้ง front end ที่เป็น GUI ให้ (ใช้คำสั่ง R ที่ prompt ก็จะเข้าสูโปรแกรม R ที่เป็น command line)

ผมแถม R GUI ให้อีกตัว เลือกติดตั้งจาก Ubuntu software center (มีในรายการ package)

คำถามต่อมาก็คือ แล้วจะติดตั้ง package คำสั่งเพิ่มเติมทำอย่างไร

package สำหรับคำสั่งในการวิเคราะห์ข้อมูลของโปรแกรม R นั้น มีผู้เขียนเอาไว้หลายท่าน หลายๆ package ด้วยกันให้เลือก package จากลิงค์ package เช่น http://ftp.psu.ac.th/pub/cran/web/packages/

เช่น package abc: Tools for Approximate Bayesian Computation จะมีไฟล์มาตรฐานอยู่ ๔ ไฟล์คือ

Package source:     abc_1.3.tar.gz
MacOS X binary:     abc_1.3.tgz
Windows binary:     abc_1.3.zip
Reference manual:     abc.pdf

สำหรับ Linux ต้องใช้ abc_1.3.tar.gz ซึ่งต้องเอามาติดตั้ง (compile) โดยผ่านตัวติดตั้งของ R อีกทอดนึง เหมือนกับเป็นส่วนที่เป็น source ของ package บน Linux ทั่วๆ ไป

การติดตั้งก็ทำโดยผ่าน command line ตรง terminal ของระบบ (ไม่ใช่ command line ใน R)

R CMD INSTALL  package_name

ผมหวังว่าคำสั่งนี้จะใช้ได้ ผ่านฉลุย ไม่ติดขัดอะไร (ผมติดตั้งแต่ R ให้ชนนท์ ไม่ได้ลง package  เพิ่มเติมแต่อย่างใด) โดยค้างชนนท์เอาไว้ว่า ผมจะลองดูภายหลังให้

เครื่องคอมพิวเตอร์ที่ใช้งานอยู่ไม่ได้ติดตั้ง Linux เป็น OS จะมีก็แต่ fedora 12 ที่ติดตั้งไว้บน VMWare เท่านั้น

ผมมาลองลง R  บน fedora 12 พบว่าทำได้ยากมาก เพราะไม่มี mirror site ใดที่สนับสนุน fedora 12  อีกแล้ว จะมีก็แต่ fedora 14  หลังจากที่ อีกอย่างใน mirror site ของ R มี package ที่ compile เป็น rpm เรียบร้อยแล้ว มีแค่สำหรับ fedora core 10 และ 11 เท่านั้น

หนทางที่ผมจะหา R มาติดตั้งใน fedora core 12 ก็คือต้อง download เอา source มา compile เอง

ผมก็จัดไปตามทางที่มี

แต่

หนทางไม่ได้โรยด้วยกลีบกุหลาบอย่างที่รู้ๆ กัน เพราะมันไม่ง่ายอย่างที่คิด

การ compile (ผมมีความประสงค์จะ compile ให้เป็น rpm แล้วติดตั้งหรือลบออกโดยผ่าน package manager บน redhat linux อย่าง yum หรือ rpm ไม่ต้องการติดตั้งจาก source code โดยตรง (make install หรือตัวติดตั้งที่เป็น .pl)) ต้องอาศัยเครื่องมือต่างต่างๆ หลายตัว (Developer tools) ซึ่งมีทั้งที่อยู่บน OS เองและ package ที่พัฒนาต่างหาก

ส่วนที่ต้องติดตั้งเพิ่มเติมจาก mirror ของ fedora 12 ก็ไม่มี mirror แล้ว (ทำไมผมไม่นึกถึงแผ่นติดตั้งนะ) ส่วนที่ต้องหามาต่างหากก็ติดเรื่อง dependency package ยุ่บยั่บไปหมด

ถอดใจครับ ถอดใจ

สุดท้ายต้องลบ fedora 12 ทิ้งไป หันไปลง CentOS 5.6 แทน (ผมยังชอบค่าย redhat อยู่ครับ)

ติดตั้งใหม่เอี่ยมเรี่ยมแร้ แต่ดันไม่มี R อยู่ใน list มีแต่ใน mirror ของ cran R

เอาวะ มีใน mirror ของ cran R ก็ยังดี แต่ทางที่จะไปดูดมาโดยผ่าน yum ทำไงอีกล่ะ? นอกเหนือจากการ download  rpm package มาติดตั้ง

สุดท้ายก็ได้คำตอบจากเวปนี้ แต่ต้องไปทำ R repose ก่อน เพื่อกำหนดว่าจะให้ไปดูดมาจากที่ไหน ซึ่งผมประสงค์จะให้ดูดมาจากที่ใกล้ๆ ก็คือ http://ftp.psu.ac.th/pub/cran/ หลังจากทำ R.repo เรียบร้อยแล้ว ติดตั้ง R โดยใช้คำสั่งที่ terminal

yum install r

(ผม su มาเรียบร้อยก่อนหน้านี้แล้ว)

เรียบร้อย yum list รายการมาว่าติดตั้งอะไรบ้าง กด y เพื่อติดตั้ง

ไม่ผ่านครับ เพราะติดตรงที่ package R และ dependency package ไม่มี pgp key หรือไม่มีใบรับรองดิจิตอล หรือใบรับประกันว่า ของจริง ไม่ใช่ของเลียนแบบ (๕๕๕)

โปรแกรม yum เสนอทางเลือกให้ว่า ไม่ต้อง check หรือไม่ต้องสนใจ pgp signature ให้ติดตั้งไปเลย (force) ซึ่งในข้อแนะนำเดิมในเวป kOoLiNuS แนะนำว่า ให้ปิดการตรวจสอบ pgpkey (gpgcheck=0)

เรื่องอะไรที่จะทำแบบนั้น มันต้องลองของกันหน่อย

รายละเอียดของการติดตั้ง R  ในเวปของ cran R มีนิดเดียว ไม่ไกี่บรรทัด น้อยกว่าของ Ubuntu มากๆๆๆๆๆๆๆๆๆๆ แถมต้องเปิดอ่านเอง ไม่มีเปิดให้เองเมื่อเข้าหน้าโหลด package

ให้ตายซิโรบิ้น

ใน cran บอกเอาไว้แค่นี้

RPMS for Red Hat Enterprise Linux 5.

These are built as part of the Fedora EPEL project:
https://fedoraproject.org/wiki/EPEL

They may be signed by Martyn Plummer <plummer@iarc.fr>
My key ID is 97D3544E and my key is available from all good public key servers.

มีแค่นี้ก็แค่นี้ จัดการ add pgp key ใส่เข้าไปให้ CentOS รู้จัก key ของ R package นี้ (97D3544E) โดยผ่านคำสั่ง pgp และผมเลือกใช้ keys.gnupg.net เป็น key server

gpg --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 97D3544E

หลังจาก add key เข้าไปแล้ว (ทั้งใน pgp และ rpm) การติดตั้ง R  ก็ฉลุย ราบรื่นอย่างไม่มีปัญหาใดมากวนใจ

แต่

ยังไม่พอครับ

ความโลภยังมีอยู่อีก เรื่องของเรื่องก็คือว่า  R ที่ติดตั้ง มันเป็น command line ใช้ทีนึงต้องพิมพ์คำสั่งเองทั้งหมด ไม่มีส่วนที่เป็น GUI สวยๆ ง่ายๆ มาให้ใช้เลย

อยากได้ก็ต้องไปหาล่ะครับ

ไม่มีส่วนที่เป็น GUI ที่ผมนึกได้ และไม่มีใน package list ของ CentOS ที่ผมนึกได้ก็มีแต่ Rcmdr (R Commander) ที่เป็น package เสริมสำหรับ R ที่นำเอา GUI มาครอบส่วนที่เป็น command line ของ R ไว้อีกทีนึง

ง่ายๆ ครับ ติดตั้ง package เพิ่มโดยผ่านคำสั่ง install.packages("pck_name") ในโปรแกรม R

เรียก R มาก่อนครับ

R

เมื่อเข้าสู่ promt ของโปรแกรม R ก็ตามด้วยคำสั่ง

install.packages("Rcmdr")

โปรแกรม R ขึ้น ส่วนที่เป็น GUI มาให้เลือก mirror site ว่าจะเป็นที่ไหน ผมเลือก  Thailand ใจชื้นขึ้นมานิดนึง มี GUI แล้วๆๆๆ

สักครู่โปรแกรมแจ้ง  Error มาให้ทราบ ทำไงหว่า เราก็ตรวจสอบจากเวปของ cranR  แล้วว่ามี Rcmdr อยู่

เอาอีกคำสั่งก็แล้วกัน คือใช้คำสั่งติดตั้ง package คำสั่งเดิมแต่ไม่ระบุ package

install.packages()

โปรแกรม R ขึ้นรายการ package ที่มีมาให้เลือก (http://ftp.psu.ac.th/pub/cran/web/packages/)

อุ๊บ!!!!!!!

ไม่มี Rcmdr อยู่ในรายกรให้เลือกเลย

แป่วแง่วๆๆๆๆๆๆ

ชักจะมีน้ำโหแล้วนะนี่  Rcmdr มีอยู่ชัดๆ แล้วทำไม่ไม่มีให้เลือกติดตั้งฟะ ดูกันให้ชัดๆ เลย

เปิดไปที่หน้าเวปนี้เลย http://ftp.psu.ac.th/pub/cran/web/packages/

จะเห็นว่ามี package Rcmdr อยู่ในรายการของ Package อยู่ด้วย แต่ทำไมตัวติดตั้ง package ของ R ถึงไม่แสดงรายชื่อของ package Rcmdr ใน list ให้

ช้าแต่ช้าแต่

เมื่อเปิดเข้าไปดูรายละเอียดของ package Rcmdr พบว่า

Rcmdr: R Commander

A platform-independent basic-statistics GUI (graphical user interface) for R, based on the tcltk package.
Version: 1.6-4
Depends: R (≥ 2.13.0), tcltk, grDevices, utils, car (≥ 2.0-0)

ถึงบางอ้อแล้วใช่ไหมครับ

ถ้าจะติดตั้ง Rcmdr version 1.6-4 ตัว R-base ขั้นต่ำต้องเป็นเวอร์ชั่น 2.13.0

ก็ตัว R ที่มีอยู่บน cran mirror CentOS มีแค่เวอร์ชั่น 2.10.0-2 เท่านั้นเอง

จนแล้วจนรอดผมก็ยังไม่ได้ Rcmdr มาเชยชมสมอุราซะที เอาเป็นว่า ค่อยติดตามตอนต่อไปดีกว่าครับ เกือบๆ จะได้ชมสมอุราฟ้าเบิกบานแล้วครับ

ติดตามอ่านตอนหน้านะครับทุกท่าน

เราเอง